Zusammenfassung
In dieser Studienarbeit am Wilhelm-Schickard-Institut für Informatik, der Universität Tübingen wurde das Programm RNAViewR entwickelt, dass RNA Teilsequenzen mit ihrer Sekundärstruktur 2-dimensional visualisiert. Dabei können einfache Stem- und Loop-Strukturen, sowie nicht verschachtelte Pseudoknoten überschneidungsfrei eingebettet werden.
Zusätzlich bietet RNAViewR eine grafische Oberfläche, die den Vergleich mehrerer RNA Sequenzen vereinfachen soll und eine einfache Möglichkeit bietet vorhandene RNA Sequenzen zu editieren und zu speichern. Der Export in verschiedene Grafikformate ist ebenso möglich wie ein ansprechender Ausdruck aus RNAViewR .
RNAViewR ist vollständig in Java implementiert (JavaDoc) und daher platformunabhängig nutzbar. Bislang benutzt das Programm die Graphen-Bibliothek yFiles der Firma yWorks , was aus lizenztechnischen Gründen einer freie Publikation des vollständigen Quelltextes im Wege steht.
Downloads
| ZIP-Datei mit dem Java-Programm, den nötigen Bibliotheken und einigen Beispieldateien.< |
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RNAViewR als Java Webstart (Mehr Informationen) | |
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Ausarbeitung der Studienarbeit mit Kapitel zur Nutzung des RNAViewRs. | |||